Short Term Mortality Fluctuations (STMF) data series

Human Mortality Database (HMD) series of weekly death counts across countries.

stmf

Format

A tibble with 580,395 rows and 17 variables:

country_code

Mortality database country code

cname

character Country name

iso2

character ISO2 country code

iso3

character ISO3 country code

year

double Year

week

double Week number. Each year in the STMF refers to 52 weeks, each week has 7 days. In some cases, the first week of a year may include several days from the previous year or the last week of a year may include days (and, respectively, deaths) of the next year. In particular, it means that a statistical year in the STMF is equal to the statistical year in annual country-specific statistics.

sex

character Sex. m = Males. f = Females. b = Both combined.

split

double Indicates if data were split from aggregated age groups (0 if the original data has necessary detailed age scale). For example, if the original age scale was 0-4, 5-29, 30-65, 65+, then split will be equal to 1

split_sex

double Indicates if the original data are available by sex (0) or data are interpolated (1)

forecast

double Equals 1 for all years where forecasted population exposures were used to calculate weekly death rates.

approx_date

double Approximate date (derived from the year and week number).

age_group

character Age group for death counts and rates

death_count

double Weekly death count. This number need not be an integer, because the age categories may be aggregated or split across the source national data.

death_rate

double Weekly death rate.

deaths_total

double Count of deaths for all ages combined.

rate_total

double Crude death rate.

Source

Human Mortality Database, http://mortality.org

Details

For further details on the construction of this dataset see the codebook at https://www.mortality.org/Public/STMF_DOC/STMFNote.pdf. For the original input data files in standardized form, see https://www.mortality.org/Public/STMF/Inputs/STMFinput.zip.

Countries and years covered in the dataset:

cname	1990	1991	1992	1993	1994	1995	1996	1997	1998	1999	2000	2001	2002	2003	2004	2005	2006	2007	2008	2009	2010	2011	2012	2013	2014	2015	2016	2017	2018	2019	2020	2021	2022
Australia	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y
Austria	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y
Belgium	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y
Bulgaria	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y
Canada	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y
Chile	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y
Croatia	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y
Czech Republic	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y
Denmark	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y
England and Wales	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y
Estonia	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y
Finland	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y
France	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y
Germany	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y
Greece	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y
Hungary	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y
Iceland	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y
Israel	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y
Italy	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y
Korea, Republic of	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y
Latvia	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y
Lithuania	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y
Luxembourg	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y
Netherlands	-	-	-	-	-	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y
New Zealand	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y
Northern Ireland	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y
Norway	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y
Poland	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y
Portugal	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y
Russian Federation	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	-	-
Scotland	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y
Slovakia	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y
Slovenia	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y
Spain	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y
Sweden	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y
Switzerland	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y
Taiwan, Province of China	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	-
United States	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y	Y

Variables Table: Data summary

Name	stmf
Number of rows	580395
Number of columns	17
_______________________
Column type frequency:
Date	1
character	7
numeric	9
________________________
Group variables	None

Variable type: Date

skim_variable	n_missing	complete_rate	min	max	median	n_unique
approx_date	0	1	1990-01-07	2023-01-01	2012-10-07	1722

Variable type: character

skim_variable	n_missing	complete_rate	min	max	empty	n_unique	whitespace
country_code	0	1.00	3	7	0	38	0
cname	0	1.00	5	25	0	38	0
iso2	34380	0.94	2	2	0	35	0
continent	35850	0.94	4	13	0	5	0
iso3	34380	0.94	3	3	0	35	0
sex	0	1.00	1	1	0	3	0
age_group	0	1.00	3	5	0	5	0

Variable type: numeric

skim_variable	n_missing	complete_rate	mean	sd	p0	p25	p50	p75	p100	hist
year	0	1	2011.58	6.88	1990	2006.00	2012.00	2017.00	2022.00	▁▂▆▆▇
week	0	1	26.50	15.03	1	13.00	26.00	39.00	53.00	▇▇▇▇▇
split	0	1	0.12	0.32	0	0.00	0.00	0.00	1.00	▇▁▁▁▁
split_sex	0	1	0.00	0.07	0	0.00	0.00	0.00	1.00	▇▁▁▁▁
forecast	0	1	0.10	0.30	0	0.00	0.00	0.00	1.00	▇▁▁▁▁
death_count	0	1	617.60	1585.49	0	39.00	162.00	449.75	26362.00	▇▁▁▁▁
death_rate	0	1	0.05	0.07	0	0.00	0.02	0.07	0.57	▇▂▁▁▁
deaths_total	0	1	3088.00	6498.29	2	472.00	998.00	2543.00	87413.00	▇▁▁▁▁
rate_total	0	1	0.01	0.00	0	0.01	0.01	0.01	0.04	▅▇▁▁▁

References

"Short-term Mortality Fluctuations Dataseries" n.d., https://www.mortality.org/Public/STMF_DOC/STMFNote.pdf

Author

Kieran Healy